在薄膜的应用过程中产生膜的污染是很难完全避免的，但是通过对不同的膜污染情况采取相应的措施来减小膜的污染程度是可行的。由于产生膜的污染的原因很多，膜污染现象比较复杂，因此没有适用于各种膜污染情况的通用的方法，所以在此对减小膜污染的方法只能作一般性的介绍。
遇到具体的情况要根据其膜材料和膜分离过程的特点，从设计、工艺流程到设备选择、运行、膜的储运和停机保养等各个环节加以具体分析考虑，确定采取何种方法减小薄膜的污染，制定维护膜组件与预防膜污染的具体措施，使浓差极化的影响和薄膜污染减小到最低程度。多年来，国内外在膜污染的理论研究和应用实践的基础上，积累了不少行之有效的经脸和方法，在此介绍几种常用的方法。
作为薄膜污染的防治方法概括起来有化学方法和物理方法.化学方法中有被处理液的前处理、开发渔饼和蛋白质难以吸附的膜材料、膜表面改良以及药物清洗等。物理方法有逆洗等联机清洗，操作条件的优化，利用电泳或Taylor旋涡的装置等等。